Wątki bez odpowiedzi | Aktywne wątki Teraz jest Cz wrz 19, 2019 12:41 am



Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 14 ] 
 Co integruje procesy w komórce? 
Autor Wiadomość
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Co integruje procesy w komórce?
Holenderski reżyser udokumentował proces rozwoju traszki górskiej od pojedynczej komórki, aż do przeistoczenia się w kompletny organizm. Trzy tygodnie zdjęć zostało skompresowane w sześciominutowe nagranie. Ten hipnotyzujący film pokazuje nam cud życia w bardzo prosty i delikatny sposób. Zmusza nas do zastanowienia się skąd pochodzimy, także jako ludzie. Ukazuje bardzo złożony mechanizm natury i sprawia, że ​​fenomen stworzenia wszystkich istot wygląda jeszcze bardziej magicznie. Autor z powodzeniem skondensował trzy tygodnie pracy w kilkuminutowe nagranie, któremu towarzyszą łagodne dźwięki prowadzące widzów przez wyjątkową podróż przez cud narodzin” – tak jury festiwalu uzasadniło swoją decyzję.
https://www.youtube.com/watch?v=7Q9VyHJ1l2Q ( polecam w jakości 1080 hd)
Warto zadać sobie pytanie: co integruje pod względem ilościowo-jakościowo-czasowo-przestrzennym proces metamorfozy komórki jajowej w np. traszkę? Choć wszystkie komórki organizmu wielokomórkowego zawierają praktycznie identyczną informację genetyczną, identyczny genotyp, to jednak komórki różnych tkanek znacznie się różnią, wykazują odmienny fenotyp. Ta różnorodność wynika z różnego wykorzystania tej samej informacji genetycznej, dzięki czemu w przypadku organizmu człowieka powstaje około 200 różnych typów komórek. To właśnie mechanizmy epigenetyczne umożliwiają powstanie stałych wzorców ekspresji genów dla danej zróżnicowanej komórki, a jednocześnie umożliwiają krótkotrwałe, odwracalne zmiany w ich ekspresji. Dzięki nim inicjowane są i utrzymywane procesy związane z różnicowaniem komórek Epigenomem określa się zestaw modyfikacji DNA i białek histonowych, które regulują strukturę chromatyny, a przez to kontrolują ekspresję genów, replikację i naprawę DNA oraz inne funkcje komórkowe.
Same geny więc nie wystarczają, aby opisać i wyjaśnić procesy epigenetyczne. Co jednak ( jaki czynnik; informacja) integruje materialne procesy zachodzące w epigenomie?


Śr kwi 03, 2019 11:29 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): So lip 14, 2012 8:57 pm
Posty: 5667
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Kiedyś badano prosty układ jakiegoś robaka chyba z 200 neuronami. Okazało się to kompletną zagadką, bodaj stwierdzono - układ nie zachowuje się deterministycznie, nie zachowuje się też losowo, zachowuje się jak chce.

_________________
Śpieszmy się kochać ludzi


Śr kwi 03, 2019 11:48 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Andy72 napisał(a):
Kiedyś badano prosty układ jakiegoś robaka chyba z 200 neuronami. Okazało się to kompletną zagadką, bodaj stwierdzono - układ nie zachowuje się deterministycznie, nie zachowuje się też losowo, zachowuje się jak chce.

Teraz chciałbym Tobie, jak i wszystkim forumowiczom, przedstawić problem, jaki ma komórka pospolitych jednokomórkowych drożdży Saccharomyces cerevisiae, już tylko na pierwszym i najważniejszym etapie ekspresji genu - inicjacji transkrypcji ( aktywacji i/lub represji). Skorzystałem z największej i regularnie aktualizowanej bazy TF drożdży http://www.yeastract.com/index.php służącej do analizy transkrypcji genów tego organizmu poprzez różne TF. Od ostatniej aktualizacji w czerwcu 2017 r. YEASTRACT obejmuje około 163000 powiązań regulacyjnych między czynnikami transkrypcyjnymi (TF) a genami docelowymi w S. cerevisiae, w oparciu o ponad 1600 odniesień bibliograficznych; obejmuje również 247 konkretnych wiążących konsensusów DNA regulowanych przez 113 TF. Można sobie m.in. wybrać warunki, w jakich dany gen podlega ekspresji i zobaczyć jakie TF wtedy go regulują. Za przykład biorę gen białka histon HHT2 w warunkach bezstresowych w logarytmicznej fazie wzrostu (Unstressed log-phase growth control).
TF, które bezpośrednio udokumentowano wiązanie specyficzne z promotorem jest 7 np. Met28p,Met4p.
TF, które pośrednio udokumentowano wiązanie z promotorem jest aż 43, tylko wiążą się w sposób niespecyficzny, czyli niezgodny z sekwencją konsensusową charakterystyczną dla danego TF. Jeśli chcemy wiedzieć, jakie TF wiążą się z promotorem w specyficznych warunkach, to np. zaangażowane w synchronizację cyklu komórkowego są tylko 3: Yox1p, Yhp1p, Swi4p( tylko ten wiąże się specyficznie). TF zaangażowane w regulację w zależności od dostępności azotu: Flo8p ,Sfp1p ( oba niespecyficznie). Można dalej szukać TF w zależności od określonych warunków np. stres, dostępność tlenu itd. Będą to inne TF. Na czym polega integracja? Komórka drożdży posiada potencjalnie 117 TF, ale tylko część jest w ciągłym użyciu. Wiele ( większość?) jest nieobecna i dopiero w określonych warunkach jest używana do regulacji specyficznych genów. W przypadku genu HHT2 w warunkach dostępności azotu: 1. musi dokonać najpierw specyficznych modyfikacji specyficznych histonów w specyficznym miejscu np. promotor. 2. musi rekrutować specyficzne TF: lo8p i Sfp1p i dostarczyć je do promotora, spośród wielu TF, a nawet wielu białek obecnych w jadrze. Proces jest selektywny i specyficzny- zarówno w czasie, jak i przestrzeni, więc wymaga koordynacji przez czynnik integrujący, którego mechanizm działania i natura pozostają zagadkowe. Jeśli ktoś potrafi wyjaśnić regulację genu HHT2 ( lub dowolnego z bazy) bez postulowania czynnika integrującego - czekam na propozycję. Zauważcie, jak problem robi się skomplikowany, gdy uświadomimy sobie, że komórka musi w sposób skoordynowany i selektywny regulować tysiące genów i to nie tylko na poziomie inicjacji transkrypcji, ale splicingu https://pl.wikipedia.org/wiki/Splicing# ... ternatywny, transportu m-RNA, modyfikacji i transportu białka itd.
Z ciekawostek: Dla przykładu metabolom drożdży z bazy Yeast Metabolome Database (YMDB) http://www.ymdb.ca/ Poczciwe drożdże mają w swych komórkach, dzięki różnych procesom ok 16 000 związków chemicznych! http://www.ymdb.ca/compounds
Do tego posiadają 9595 ścieżek(szlaków) metabolicznych http://www.ymdb.ca/pathways
Na ich drodze zachodzi 31624 reakcji http://www.ymdb.ca/reactions Dla mnie, chemika z wykształcenia to wszystko wprawia w 8O 8O 8O


Cz kwi 04, 2019 12:33 am
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): Pn mar 20, 2006 11:39 pm
Posty: 3056
Lokalizacja: Roztocze
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Nie jestem chemikiem. Więc z innej strony. Czy te procesy nie wskazują na mechanizm typu zegarowego? Opowiednie zębatki trafiają tylko w konkretne trybiki w genach ułożone. A ubytki zębów w trybikach są odciskane na nowo przez bezpośredni kontakt. Formowane jak z plasteliny.
Bądź że czy same te procesy, są zupełnie do siebie nie pasujące? Więc same ich przebiegi są związane z zewnętrzną ingerencją w ich istnienie. Pytam znawcę tego tematu, bo jakiś wniosek pewnie masz.

_________________
prezydent Legionu Maryi p.Brzozówka


Cz kwi 04, 2019 9:28 am
Zobacz profil WWW
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
witoldm napisał(a):
Nie jestem chemikiem. Więc z innej strony. Czy te procesy nie wskazują na mechanizm typu zegarowego? Opowiednie zębatki trafiają tylko w konkretne trybiki w genach ułożone. A ubytki zębów w trybikach są odciskane na nowo przez bezpośredni kontakt. Formowane jak z plasteliny.
Bądź że czy same te procesy, są zupełnie do siebie nie pasujące? Więc same ich przebiegi są związane z zewnętrzną ingerencją w ich istnienie. Pytam znawcę tego tematu, bo jakiś wniosek pewnie masz.

To ,co proponujesz ma cechy mechanicyzmu. https://pl.wikipedia.org/wiki/Mechanicyzm Procesy w komórce są nieliniowe. Geny ze swoimi sekwencjami do pewnego stopnia determinują procesy ekspresji genów, ale aktywacja/represja samych genów już tak nie może być na ogół wyjaśniona. Co koordynuje modyfikację histonów konieczną do ekspresji genów? https://en.wikipedia.org/wiki/Histone-modifying_enzymes Można powiedzieć, że białka za to odpowiedzialne, ale te białka różne modyfikują różne białka histonowe w zależności od genów: inaczej te aktywne; inaczej represyjne. Jakichś czynnik rekrutuje i integruje te białka - jaki? Skąd ma informację do tych procesów? Ciekawy artykuł o dynamice organizmu żywego https://zenodo.org/record/1321726/files ... -01-71.pdf


Cz kwi 04, 2019 11:59 am
Zobacz profil
Gaduła
Gaduła
Avatar użytkownika

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 951
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Bardzo ciekawe pytanie Orfeuszu, ale chyba przeceniasz nasze możliwości. Jeśli znałbym odpowiedź, to pewnie opisał bym ją, wysłał do Nature i grzecznie się pod tym podpisał :wink:


Cz kwi 04, 2019 6:57 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
ŚmiałyHarpunnik napisał(a):
Bardzo ciekawe pytanie Orfeuszu, ale chyba przeceniasz nasze możliwości. Jeśli znałbym odpowiedź, to pewnie opisał bym ją, wysłał do Nature i grzecznie się pod tym podpisał :wink:


Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.


Cz kwi 04, 2019 8:09 pm
Zobacz profil
Gaduła
Gaduła
Avatar użytkownika

Dołączył(a): N sty 20, 2019 1:59 pm
Posty: 951
Płeć: mężczyzna
wyznanie: chrześcijanin, inne (trynitarny i biblijny)
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz napisał(a):
Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.

O co konkretnie pytasz? Czy mam świadomość ich istnienia? Tak. Czy je rozumiem? Nie.


Cz kwi 04, 2019 8:49 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła

Dołączył(a): Pn mar 20, 2006 11:39 pm
Posty: 3056
Lokalizacja: Roztocze
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz
Więc to drugie.
Nie znasz tego mechanizmu, pisząc że w jakichś sposób one na siebie wpływają w pewnych warunkach. No to wiele nie wiemy. Są jednak wspólne zasady mechanizmów i tych procesów w komórkach. Czyli nieliniowość, przenoszenie ruchów zakodowanych w mechanizmach. Oraz przenoszenie przetworzonych konstrukcji komurek według klucza, lecz jeszcze z uwzględnieniem okoliczności czy potrzeb. Coś to wszystko spaja i to w sobie właściwy sposób. Często nawet wbrew przeszkodom, gdy są uszkodzenia genu. W sumie komórka to taki chemiczny inkubator, o zacięciu mechanicznych zależności. No i teraz pytanie które sam zadajesz, co tym steruje? Bo jak steruje to znaczy nieliniowo, więc po określonym kodzie, to nie powinno być w tym wątpliwości. Może to być interakcja. Bo chemia już tak ma, że wystarczy obecność substancji i następują procesy o określonym charakterze. A może być jeszcze coś czego nie znamy.

_________________
prezydent Legionu Maryi p.Brzozówka


Cz kwi 04, 2019 10:25 pm
Zobacz profil WWW
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
ŚmiałyHarpunnik napisał(a):
Orfeusz napisał(a):
Czy w ogóle widzisz koordynacje procesów w komórce? Dopiero w zależności od odpowiedzi na to pytanie, można zacząć dyskusję.

O co konkretnie pytasz? Czy mam świadomość ich istnienia? Tak. Czy je rozumiem? Nie.

Czy masz wiedzę naukową, która uprawnia Ciebie do postawienia tezy o konieczności integracji procesów w komórce?


Cz kwi 04, 2019 10:41 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
witoldm napisał(a):
Orfeusz
Więc to drugie.
Nie znasz tego mechanizmu, pisząc że w jakichś sposób one na siebie wpływają w pewnych warunkach. No to wiele nie wiemy. Są jednak wspólne zasady mechanizmów i tych procesów w komórkach. Czyli nieliniowość, przenoszenie ruchów zakodowanych w mechanizmach. Oraz przenoszenie przetworzonych konstrukcji komurek według klucza, lecz jeszcze z uwzględnieniem okoliczności czy potrzeb. Coś to wszystko spaja i to w sobie właściwy sposób. Często nawet wbrew przeszkodom, gdy są uszkodzenia genu. W sumie komórka to taki chemiczny inkubator, o zacięciu mechanicznych zależności. No i teraz pytanie które sam zadajesz, co tym steruje? Bo jak steruje to znaczy nieliniowo, więc po określonym kodzie, to nie powinno być w tym wątpliwości. Może to być interakcja. Bo chemia już tak ma, że wystarczy obecność substancji i następują procesy o określonym charakterze. A może być jeszcze coś czego nie znamy.


A może AT "witalistyczna" koncepcja życia? http://lenartowicz.jezuici.pl/wp-conten ... -20052.pdf Polecam też artykuły z działu FILOZOFICZNE PROBLEMY DYNAMIKI FORM ZYWYCH str. 61-379 https://wydawnictwowam.pl/sites/default ... _skrot.pdf


Cz kwi 04, 2019 10:45 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Interakcje białko-białko, białko-DNA itd nie wyjaśniają integracji zachodzących specyficznie i selektywnie, które mają sens biologiczny np. splicing, synteza rybosomów itd W komórce zachodzą astronomiczne ilości niespecyficznych interakcji, ale tylko znikomo mały procent (promil?) ma sens biologiczny. Czynnik integrujący działa w sposób ograniczająco-selekcjonujący na ten pejzaż molekularny: https://www.youtube.com/watch?v=2fobDHHl11c


Cz kwi 04, 2019 10:54 pm
Zobacz profil
Niesamowity Gaduła
Niesamowity Gaduła
Avatar użytkownika

Dołączył(a): Pt lut 04, 2011 4:00 pm
Posty: 3065
Lokalizacja: EWOLUCJA jest OK.
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Orfeusz napisał(a):
Dla mnie, chemika z wykształcenia to wszystko wprawia w 8O 8O 8O


Mnie również. To co właśnie opisałeś, jest dla mnie wręcz PRZERAŻAJĄCE. Jest to o tyle bardzie przerażające jak słucham kogoś i ktoś mówi że "my wiemy".

Naukowcy, jako osoby to naprawdę mało wiedza... z drugiej strony, jako wspólnota jest BARDZO ciężko zintegrować te dany (np. to co opisałeś). Generalnie, nie ma ostatnio teorii, jest z to dużo obserwacji i pomiarów :lol: :x .

Mnie osobiście temat różnicowania komórek zawsze fascynował, ale niestety nie mam możliwości (finansowych) nad tym pracowania :(.

_________________
Dr mgr inż. Leszcz - to tak dla jasności.


Pt kwi 05, 2019 4:35 pm
Zobacz profil
Dyskutant
Dyskutant

Dołączył(a): So sie 05, 2017 1:23 pm
Posty: 153
Płeć: mężczyzna
wyznanie: katolik w pełnej łączności z papieżem
Odpowiedz z cytatem
Post Re: Co integruje procesy w komórce?
Ten problem poruszyłem na forum najbardziej kompetentnym - biologicznym. Do dzisiaj (od 6 kwie 2019) - nie ma żadnej(!) odpowiedzi. https://forum.biolog.pl/topic78345.html
Jeśli nie wiemy, co integruje w komórce eukariotycznej np. drożdże, to czy mają sens rozważania nad jego genezą?
Zwróćcie uwagę, jak niezwykłe są pory jądrowe. Kompleksy porów nuklearnych (NPC) to duże zespoły białkowe obejmujące otoczkę jądrową (NE), podwójną membranę otaczającą jądro; są jedynymi mediatorami transportu makromolekularnego między jądrem a cytoplazmą i są kluczowe platformy regulacyjne dla licznych procesów jądrowych. Każdy NPC jest 8-krotnym symetrycznym, cylindrycznym zestawem składającym się z ~ 500 kopii ~ 30 różnych białek (nukleoporyn lub Nup). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6022767/
Integracja polega, choćby tylko na etapie transportu białek. Komórka musi zadecydować: do jakiego przedziału komórkowego je przetransportować; które to mają być ( jest kilka tysięcy u drożdży); w jakiej liczbie kopii; w jakim czasie; jaki sposób itd. Czy to się dzieje przypadkowo? https://www.youtube.com/watch?v=ec9kuIa2GR4


Pt wrz 06, 2019 11:24 pm
Zobacz profil
Wyświetl posty nie starsze niż:  Sortuj wg  
Utwórz nowy wątek Odpowiedz w wątku  [ Posty: 14 ] 


Kto przegląda forum

Użytkownicy przeglądający ten dział: Brak zidentyfikowanych użytkowników i 2 gości


Nie możesz rozpoczynać nowych wątków
Nie możesz odpowiadać w wątkach
Nie możesz edytować swoich postów
Nie możesz usuwać swoich postów

Szukaj:
Skocz do:  
Powered by phpBB © 2000, 2002, 2005, 2007 phpBB Group.
Przyjazne użytkownikom polskie wsparcie phpBB3 - phpBB3.PL